O CEJA Professor Gilmar Maia de Sousa foi construído, no final dos anos 80, em parte do terreno que, no século XIX, era ocupado por uma grandiosa construção, chamada de Itapuca Villa, que pertenceu a Alfredo Salgado, um aristrocrata que estudou na Europa e que falava fluentemente o francês, o italiano e o alemão. A mansão ocupava quase toda a quadra compreendida entre as Ruas Municipal Princesa Isabel e Teresa Cristina.
Como parte da história do CEJA Professor Gilmar Maia de Sousa estão as mudanças de projetos na educação, em especial na educação de jovens e adultos e, com eles, a mudança de nomes. Denominado como Centro de Estudos Supletivos, foi criado pelo Decreto n.º 10.745, de 02 de Abril de 1974, DO de 03 de abril de 1974, vinculado ao Departamento de Ensino Supletivo (DESU), da Secretaria de Educação do Estado do Ceará – SEDUC.
Na época, foi um projeto de Educação Supletiva para adultos, dirigido técnico e pedagogicamente pelo MEC cuja implantação teve como incentivador o então Secretário de Educação Cel. Murilo Serpa. Funcionou inicialmente na Rua José Vilar sob a coordenação da Profª Zulena Freitas, assessorada por Mirtes Alves Garcia e Célia Garcia e pela Chefe do Departamento de Ensino Supletivo, Profª Susana Bonfim. Foi o período em que a escola era chamada de “escola das mangueiras”, já que os professores recebiam treinamento prático-teórico à sombra do mangueiral, pois o prédio não oferecia condições físicas para tanto. No ano seguinte, transferiu-se para a Avenida do Imperador, no centro da cidade de Fortaleza, funcionando durante um ano neste endereço. Em 1976, o CES (Centro de Estudos Supletivo) mudou-se para Av. Barão de Studart, em frente ao antigo Palácio do Governo.
O CES foi implantado com a Lei de Diretrizes e Bases da Educação, LDB 5692/71. Nesta Lei, um capítulo foi dedicado especificamente para a EJA. Em 1974, o MEC propôs a implantação dos CES (Centros de Estudos Supletivos) em Fortaleza, que tinham influências tecnicistas devido à situação política do país naquele momento. O CES, em Fortaleza, além de seu objetivo inicial que era qualificar mão-de-obra para a indústria, tinha também o objetivo de suprimir possíveis deficiências em pontos críticos e identificados no aprendizado de alunos matriculados nas escolas de ensino regular da rede pública. Em 1978, através do Decreto nº 12.878, de 31 de Janeiro de 1978, DO de 15/02/1978, foi denominado Centro de Estudos Supletivos Professor Gilmar Maia de Sousa, em homenagem ao instrutor e representante do MEC no Ceará, Gilmar Maia de Sousa. Mais tarde, com o advento da Lei nº 9394/96-LDB, o “ensino supletivo” passou a denominar-se “Educação de Jovens e Adultos” e a escola passou a chamar-se Centro de Educação de Jovens e Adultos (CEJA) Professor Gilmar Maia de Sousa.